Kanokon рассказывает о приключениях возникающих с Kuta Oyamada, молодой парень, первоклассник, который переехал из деревни в город, и попадает в Высшую школу Kunpo. В первый день он встречает красивенькую девочку по имени Chizuru Minamoto (второй год обучения)... А эта девочка не так проста как кажется...