Десять лет после начала Meiji Era. Блуждая по Токио, Rurouni хочет начать новую жизнь со своими друзьями. Поклявшись никогда не убивать, он пытается избежать своей судьбы - убийцы Edo династии. Угроза нависла над Meiji Era, Shishio Makoto - преемник Hitokiri Battousai, загадочно исчезнувшего перед концом Edo Династии. Shishio и его Juppon Gatana готовы начать новую революцию для искоренения западного влияния.