В 2015 году огромные и невероятно мощные инопланетные машины войны, названные Ангелами, появились в Токио во второй раз. Единственной надеждой человечества является Евангелион, человекообразная машина, разработанная особым агенством NERV. Евангелион может противостоять Ангелам, и его единственной уязвимостью является ограниченное количество людей, которое может управлять им. Только несколько четырнадцатилетних подростков, родившихся 9 месяцев спустя после первого появления Ангелов, могут синхронизироваться с Евангелионом. Одним из таких подростков является Shinji Ikari, чей отец управляет командой NERVа, разработавшей Евангелион. Втянутый в водоворот битв и событий, которые он не понимает, Shinji вынужден опираться на свои собственную смелость и силу, чтобы сражаться и выжить.
