Действие происходит в будущем. На Земле появились пришельцы, которые захватили город в Японии и поставили над ним копул. Тпереь этот город отрезан от всей Земли - и даже время в нем течет по-другому. В этом городе идет 2015 год, а на остальной Земле уже 2027 год. Сам RahXephon - это робот, который управляется пением. Вместе с этим роботом человек вырывается из под купола и начинает борьбу с пришельцами. В итоге оказывается, что RahXephon это машина Создателя, которая может перестроить мир.
