Недалекое будущее, пришельцы захватывают город в Японии и ставят над ним купол, в котром время течет по иному. Когда как в куполе 2015 год, на Земле уже 2027. RahXephon - это робот, управляемый пением. Вместе с ним молодой человек оказывается за куполом и начинает борьбу с пришельцами. В итоге оказывается, что RahXephon это машина Создателя, которая перестроит мир.
